การผ่าตัด ถุงน้ำดี อาจทำได้โดยวิธีเปิดท้อง หรือโดยวิธี Laparoscopic Cholecystectomy ทั้งนี้ขึ้นกับความพร้อมของศัลยแพทย์ และสถานที่ที่ให้การรักษานั้น ๆ การผ่าตัดโดยวิธีเปิดหน้าท้อง เป็นวิธีมาตรฐานดั้งเดิม การผ่าตัดโดยวิธี laparoscopy เป็นวิธีการใหม่ ซึ่งต้องอาศัยเครื่องมือพิเศษ ศัลยแพทย์จะต้องได้รับการฝึกอบรมมาเฉพาะ อาจจะมีค่าใช้จ่ายสูงกว่า แต่มีข้อดีที่ทำโดยเจาะรูหน้าท้อง แผลเล็ก หลังผ่าตัดเจ็บน้อยกว่า ผู้ป่วยอยู่โรงพยาบาลระยะสั้น ส่วนใหญ่กลับบ้านได้ภายใน 48 ชั่วโมง ฟื้นตัวได้เร็วและกลับไปใช้ชีวิตปกติ หรือกลับไปทำงานได้เร็วกว่าวิธีเปิด อย่างไรก็ตามมีโอกาสซึ่งอาจจะต้องเปลี่ยนการผ่าตัดเช่นนี้ เป็นการผ่าตัดแบบเปิดหน้าท้องประมาณ 5% หากศัลยแพทย์เห็นว่า การผ่าตัดเช่นนั้นต่อไป ทำได้ยากลำบาก ลักษณะกายวิภาคไม่ชัดเจน หรือมีโอกาสเสี่ยงอันตรายหรือโอกาสเกิดปัญหาแทรกซ้อนขึ้น

ในขณะนี้อาจถือได้ว่า การผ่าตัดแบบ laparoscopic เป็นมาตรฐานใหม่ ที่ได้ผลดีเท่ากับวิธีผ่าตัดเปิดหน้าท้องแบบเดิม ซึ่งยังถือเป็นวิธีมาตรฐานอยู่

เป็นการใช้กล้องส่องเข้าทางปาก ผ่านหลอดอาหาร กระเพาะอาหาร และลำไส้เล็กส่วนต้นจนถึงท่อเปิดของน้ำดีในลำไส้เล็ก มีการฉีดสารทึบแสง เพื่อดูพยาธิสภาพของท่อน้ำดี ในกรณีที่พบนิ่วในท่อน้ำดี สามารถขบให้นิ่วแตก หรือส่องกล้องคล้องออกหากพบท่อน้ำดีหุบแฟบแพทย์จะใส่ท่อดามไว้เพื่อให้ทางเดินน้ำดีไม่ถูกอุดกั้น

ผู้ที่จะตรวจควรได้พบแพทย์เพื่อประเมินความเสี่ยงและรับทราบการเตรียมตัวที่ถูกต้อง โดยเฉพาะผู้ที่มีโรคประจำตัวได้รับยาต่อเนื่อง เช่น ยาฆ่าเชื้อ ยารักษาโรคหัวใจ ยาต้านการแข็งตัวของเลือด

การตรวจอวัยวะภายในโดยการส่องกล้องที่ติดเครื่องอัลตร้าซาวด์  เป็นการส่องกล้องตรวจทางเดินอาหาร  ตั้งแต่หลอดอาหาร  กระเพาะอาหาร ถุงน้ำดี ต่อมน้ำดี ตับอ่อน และลำไส้เล็ก  ลำไส้ใหญ่  ทวารหนัก  โดยอาจส่องกล้องเข้าทางปากหรือทวารหนักตามแต่พยาธิสภาพของโรค  รวมทั้งสามารถใช้คลื่นเสียงอัลตร้าซาวด์  เพื่อตรวจอวัยวะใกล้เคียง  เพื่อตรวจสอบการลุกลามของโรคมะเร็งที่อาจมีการแพร่กระจาย  และสามารถตัดชิ้นเนื้อตัวอย่างเพื่อการส่งตรวจเพิ่มเติมได้ หรือฉีดยาเจาะถุงน้ำดี ข้อดีคือ เมื่อตรวจพบพยาธิสภาพสามารถให้การรักษาได้ทันทีในการทำหัตถการนี้อาจไม่ต้องไปผ่าตัดอีก ผู้ป่วยไม่บาดแผลไม่ต้องนอนพักค้างในโรงพยาบาลก็ได้